Hijo del profesor de literatura medieval, Henry Jones Sr. y su esposa Anna, nació el 1 de julio de 1899 en Princeton, Nueva Jersey. Durante su infancia, acompañó a su padre en sus viajes a través de Europa, en donde aprendió a hablar, leer y escribir en 27 idiomas incluyendo francés, alemán, italiano, español, ruso, sueco, griego, árabe, turco, vietnamita, swahili y chino, además de inglés. ama la historia, pero ama más la busqueda de la “fortuna y gloria” que esta le pueda dar.
Escapó de casa a muy temprana edad, se enlistó como soldado en la Gran Guerra, alcanzó el rango de cabo y al finalizar esta, En 1920 regresó a Estados Unidos para estudiar arqueología en la Universidad de Chicago, bajo la dirección del profesor Abner Ravenwood, a quien llegaría a considerar como su «mentor». A finales de los años 1920, se encontró por primera vez con su némesis, el arqueólogo francés René Belloq.

Actualmente trabaja como arqueólogo y profesor en la Universidad Marshall, ubicada en Connecticut. Cuando no está impartiendo clases, emprende viajes con la finalidad de buscar objetos de importante valor histórico para la humanidad.